El Programa EcoPlata surge en 1991, luego de la firma de un memorando de entendimiento entre el gobierno de Uruguay y la universidad canadiense Dalhousie de Halifax, Nova Scotia, con el objetivo de establecer vínculos entre las comunidades científicas de ambos países.En su fase inicial el Programa estuvo orientado al fortalecimiento de las capacidades de investigación en las ciencias del mar, constituyendo una oportunidad para que las instituciones participantes aunaran esfuerzos en torno a objetivos de trabajo comunes.

El producto de esta fase fue la elaboración del Proyecto Ecoplata II (1994-1996), el cual, con el financiamiento del IDRC y las instituciones nacionales, se pensó como una etapa dentro de una iniciativa de más largo aliento con el objetivo de fortalecer y desarrollar la capacidad de las comunidades científica y pesquera a fin de prevenir una eventual degradación de los recursos naturales y comprender el efecto de los factores ambientales y las actividades humanas sobre una importante área de desove y cría de la corvina (Micropogonias furnieri) en una sección de la zona costera uruguaya del Río de la Plata.

En 1997 fue aprobado el proyecto Ecoplata III (1997-2002), con la finalidad de contribuir a la gestión integrada de los recursos de la zona costera uruguaya del Río de la Plata a través de un proceso interactivo e interdisciplinario que contribuya a la formulación de políticas y estrategias de gestión integrada, a ser desarrolladas coordinadamente por las distintas instituciones gubernamentales en el ámbito de sus respectivas competencias, con la participación de los actores sociales involucrados. De esta forma se amplía el espectro de investigación incorporando las ciencias sociales y abordando las partes terrestres de la costa del Río de la Plata. Poco tiempo después se reconoce la necesidad de llevar adelante proyectos piloto de gestión integrada de las zonas costeras (GIZC) a nivel local con el fin de acumular aprendizajes en este nuevo enfoque de gestión. Es así como en 1999 se inicia el trabajo en el Área Piloto Arroyo Carrasco–Arroyo Pando y el Área PilotoPlaya Pascual-Punta Espinillo.

En el año 2002, con el apoyo del IDRC-Canada y con el respaldo de las instituciones participantes, se firmó el documento de extensión del proyecto por tres años (2002-2005).

Entre el 2006 – 2010  EcoPlata determinó institucionalizar y fortalecer el proceso de la GIZC a fin de  consolidar una protección eficaz de las áreas sensibles y asegurar la sustentabilidad en los distintos usos sociales y productivos de la costa. En base a los problemas percibidos por los gestores y actores vinculados a la zona costera, EcoPlata definió cinco áreas temáticas a ser desarrolladas en esta nueva fase: Gobernanza, Conservación y Desarrollo Productivo Sustentable, Vulnerabilidad de la Zona Costera, Infraestructura Costera y Sistema de Información Ambiental Costero. En  cuanto al área temática Gobernaza se avanzó en el análisis, recomendación y promoción de un modelo que permita el funcionamiento de una estructura institucional de toma de decisiones en los asuntos costeros, con participación de la comunidad y apoyada por EcoPlata.  Al respecto, el Programa ha elaborado un Plan Estratégico para la GIZC estableciendo pautas a corto, mediano y largo plazo referidas a los problemas existentes, definiendo las prioridades y enumerando las acciones a ejecutar con referencia a la Gobernanza. Entre las actividades ejecutadas se destaca la adhesión al Programa de actores claves como ser los Gobiernos Departamentales de la zona costera, el Ministerio de Turismo y Deporte, la Dirección Nacional de Agua y Saneamiento, la Dirección de Recursos Naturales Renovables, la Prefectura Nacional Naval y las Facultades de Arquitectura e Ingeniería; con quienes se están promocionando acuerdos específicos para la realización de trabajos conjuntos en áreas de interés común. 

Actualmente EcoPlata se encuentra en la fase 4 según el modelo de estado de situación del proceso de institucionalización de Henocque y Denis (2001).